Die erste urkundliche Erwähnung stammt aus dem Jahr 1249. Die Kirche wird bereits im 13. Jhd. in einem päpstlichen Zinsregister genannt, Funde aus der Steinzeit deuten auf frühe Besiedlungen hin. Es gibt auch Anzeichen dafür, dass die Kelten und später auch die Römer Bohnerze im Tagebau anbauten.
Holzen ist als Storchendorf bekannt, da dort seit 1979 Störche in einem Gehege angesiedelt sind. Storchennester sind auf der Kirche, auf Scheunen und Hausdächern anzutreffen.
Neben dem alle zwei Jahre stattfindenden Storchenfest übt der Kunsthandwerkermarkt eine Anziehungskraft auf das Umland aus.
Das in Freiburg angesiedelte Fraunhofer-Institut für für Kurzzeitdynamik (EMI) betreibt in Holzen eine Außenstelle.
